Augustin se narodil 4. září 1906 v Hranicích na Moravě. 4. prosince 1928 vstoupil do opatství Nová Říše a strávil noviciát v belgickém opatství Tongerlo. 5. července 1934 byl vysvěcen na kněze. Za nacistické okupace, 29. května 1942, gestapo s jednotkami SS přepadlo klášter právě během nešpor a uvěznilo jedenáct bratří. 17. ledna 1943 byli převezeni do koncentračního tábora Osvětim. Pět z nich v tomto pekle zemřelo. Augustin Machálka byl 20. srpna 1943 převezen do koncentračního tábora v Buchenwaldu a 7. ledna 1945 do Dachau. 29. dubna 1945 tábor osvobodila americká armáda.
11. října 1945 byl zvolen novoříšským opatem. Stal se nástupcem opata Pavla Součka, který zahynul v Osvětimi. Za komunistické vlády čekaly klášter další zkoušky. Soudruzi ukryli zbraně v jedné ze zpovědnic v klášterním kostele. Když Veřejná bezpečnost prohledala 3. února 1950 opatství, „našla“ tyto zbraně a obvinila bratry ze spolupráce s protikomunistickým odbojem. Opat Machálka byl odsouzen k pětadvaceti letům těžkého žaláře. 10. března 1959 byl propuštěn z vězení a internován v Radvanově, kde žil pod dozorem tajné policie - StB.
Po pádu komunistického režimu v roce 1989 byl opět svobodný a mohl ještě prožít radost z obnovy svého kláštera. Kvůli špatnému zdravotnímu stavu však potřeboval stálou péči a zůstal u sester v Radvanově. 2. prosince 1992 se vzdal opatského úřadu. Přestože žil v těžkých časech a prožil mnoho zkoušek, zůstal opat Augustin dobrým řeholníkem a zbožným knězem. Nechoval nenávist k lidem, kteří jej pronásledovali. Zemřel 3. ledna 1996, krátce před svými devadesátými narozeninami.